增值稅一般納稅人取得的增值稅扣稅憑證，已認證或已采集上報信息，但未按照規定期限申報抵扣的；實行納稅輔導期管理的增值稅一般納稅人，以及實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人，取得的增值稅扣稅憑證稽核比對結果相符，但未按規定期限申報抵扣，屬于發生真實交易且因臺風災害造成的，也可向主管稅務機關提交申請，經審核確認后，繼續申報抵扣相應的進項稅額。
發生損失可扣除
臺風過境，災區企業和人民都遭受了一定的損失。在現有稅收體系中，多個稅種都涉及損失扣除的政策，用好這些政策，有利于納稅人在一定程度上減輕損失。
增值稅方面，按照增值稅法律法規的規定，臺風等自然災害造成的損失，相應的進項稅額可以從銷項稅額中抵扣。
企業所得稅方面，按照《企業所得稅法》的規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的損失，準予在計算應納稅所得額時扣除。其中，包括了企業在生產經營活動中發生的因臺風災害造成的損失。對企業毀損、報廢的固定資產或存貨，以該固定資產的賬面凈值或存貨的成本減除殘值、保險賠款和責任人賠償后的余額，作為固定資產或存貨毀損、報廢損失，在計算應納稅所得額時扣除。
臺風災害造成的資產損失，應以專項申報的方式向稅務機關申報扣除。企業向稅務機關申報扣除特定損失時，無須提交有法定代表人、主要負責人和財務負責人簽章證實有關損失的書面申明和相關材料，這些材料留存備查即可。
車船稅方面，在一個納稅年度內，已完稅的車船因臺風災害報廢、滅失的，納稅人可以憑完稅憑證，向納稅所在地的主管稅務機關申請退還自報廢、滅失月份起至該納稅年度終了期間的稅款。
資源稅方面，納稅人開采或者生產應稅產品過程中，因臺風災害遭受重大損失的，由省、自治區、直轄市人民政府酌情決定減稅或者免稅。
納稅人需要關注的是，對于適用減稅、免稅的項目，應當單獨核算其課稅數量；未單獨核算或者不能準確提供課稅數量的，將無法適用減稅或者免稅優惠。
受災重建有優惠
災后重建的步伐已經開始。最近，受災企業與民眾開始理賠；許多企業與個人亦紛紛伸出援助之手，捐資捐物幫助受災地區渡過難關。在災后重建的過程中，稅收政策也將一路扶持。
對于被保險人因臺風災害受損獲得的保險理賠款，按照《增值稅暫行條例》的規定，不征收增值稅。同時，個人因臺風災害獲得的救濟金、保險賠款，免繳個人所得稅。
對于個人和企業發生的符合條件的捐贈支出，可在所得稅前限額扣除。除國務院規定可全額稅前扣除的項目外，個人將其所得對教育、扶貧、濟困等公益慈善事業進行捐贈，捐贈額未超過納稅人申報的應納稅所得額30%的部分，可以從其應納稅所得額中扣除。企業發生的支持抗災等公益性捐贈支出，在年度利潤總額12%以內的部分，準予在計算應納稅所得額時扣除；超過年度利潤總額12%的部分，準予結轉以后三年內在計算應納稅所得額時扣除。不僅如此，凡附有縣級以上（含縣級）人民政府搶險救災物資運輸證明文件的運費結算憑證，還將免繳印花稅。
契稅、城鎮土地使用稅和房產稅方面，也有一定的稅收優惠。舉例來說，經有關部門鑒定，對臺風災害毀損不堪居住的房屋和危險房屋，在停止使用后，可免征房產稅。因臺風災害滅失住房而重新購買住房的，可酌情準予減征或者免征契稅。納稅人繳納土地使用稅因臺風災害確有困難需要定期減免的，由省、自治區、直轄市稅務機關審核后，報國家稅務總局批準。建議納稅人主動咨詢主管稅務機關，了解詳情。
